第１〜第10のカード仮面ライダーブレイドこと剣崎は、人類の平和のためにアンデッドと戦うヒーローだ。
先輩ライダーギャレン=橘とともに、BORD（人類基盤史研究所）に所属するが、ある日その研究所が襲撃され、彼が知らなかった秘密が次々明らかになっていく。
かつて５３種のアンデッドたちの戦いがあったこと、、そして負けたアンデッドたちの封印が解かれたこと・・・。勝ち残った人類の繁栄をおびやかす彼らを、果たしてすべて封印することが出来るのか？剣崎は同じ研究員だった栞、BORDのことを追っていた虎太郎と協力し、橘と烏丸所長の謎の行動を追う。一方、正体不明の第３のライダーカリスが登場。変身する青年相川とは何者？すべてはまだ走り出したばかりだ。
